Investigações recentes indicam que, numa sequência de DNA, pode haver duas ou mais informações codificantes, uma principal e outras que levam à produção de uma ou mais proteínas alternativas (proteínas fantasma 1 e 2 - Figura 4). Descobriu-se que cada mRNA pode ser lido de várias maneiras, originando proteínas diferentes que coexistem na célula.

Em células estaminais de rato, mais de metade dos locais onde se ligam os ribossomas não corresponde aos locais de iniciação conhecidos. Foram sequenciados todos os mRNA de neurónios de rato e, entre as 250 novas proteínas, algumas são resultantes de sequências codificantes alternativas. Recentemente, foi também identificado em ratos um mRNA resultante de uma região intergénica, que era identificada como não codificante. O novo gene tem três exões e apenas é expresso em células pós-meióticas.