O Canhão da Nazaré foi um dos locais estudados pelas equipas multidisciplinares que integraram o projeto HERMES (Hotspot Ecosystem Research on the Margins of European Seas) para o estudo dos ecossistemas marinhos da zona profunda ao largo da costa europeia, estando Portugal entre os 15 países envolvidos.

Nos sedimentos do canhão, foram identificadas várias espécies de foraminíferos, a diferentes profundidades. Estes organismos são protistas unicelulares, apresentam uma carapaça frequentemente carbonatada, reproduzem-se sexuada e assexuadamente e capturam o alimento através de pseudópodes, digerindo-o posteriormente.

No sector médio do canhão, a cerca de 3500 m de profundidade, abundam holotúrias da espécie Molpadia musculus, animais invertebrados de corpo alongado, da classe Holothuroidea, vulgarmente conhecidos como pepinos-do-mar, que se alimentam de matéria orgânica existente nos sedimentos. Estes animais, quando ameaçados ou capturados, contraem-se e expulsam grande parte dos órgãos internos, regenerando-os ao fim de alguns dias.

No sector inferior do canhão, a cerca de 4300 m de profundidade, existem anelídeos do género Siboglinum, que vivem dentro de tubos. Estes animais não possuem sistema digestivo na fase adulta, dependendo de bactérias endossimbióticas autotróficas para a sua nutrição. Estas bactérias, localizadas no interior de células do hospedeiro designadas por bacteriócitos, oxidam substâncias inorgânicas como o H₂S (sulfureto de hidrogénio) para obter energia. Essa energia é depois usada, num processo idêntico ao da fase química da fotossíntese, para a síntese de compostos orgânicos.

A Figura 3 representa a localização das bactérias no interior dos anelídeos Siboglinum.