Na serra da Estrela, as condições geológicas constituem uma parte fundamental do sistema hidrogeológico regional, uma vez que controlam os processos de infiltração e de recarga dos aquíferos, o tipo de meio de circulação da água (poroso vs. fissurado), os trajetos de fluxo subterrâneo e a hidrogeoquímica.

Na bacia do rio Zêzere a montante de Manteigas (BZMM), foram estabelecidas várias unidades hidrogeológicas. Nesta região, estão presentes três tipos de aquíferos inter-relacionados, que constam da Figura 3.

(i) Aquíferos superficiais, com circulação de águas subterrâneas normais, constituídos por depósitos de cobertura e por rochas graníticas mais intensamente meteorizadas e/ou tectonizadas sobre rochas graníticas menos meteorizadas e/ou tectonizadas.

(ii) Aquíferos intermédios, com circulação de águas subterrâneas normais, constituídos por rochas graníticas fissuradas.

(iii) Aquíferos profundos, com circulação de águas termominerais, constituídos por rochas graníticas fissuradas.

Segundo este modelo, o sistema hidrogeológico da BZMM pode ser dividido em dois subsistemas interligados: o das águas subterrâneas normais e o das águas termominerais. As primeiras são águas cuja temperatura de emergência se encontra diretamente condicionada pela temperatura do ar, com resíduo seco inferior a 60 mg L⁻¹. As águas minerais são hipertérmicas (com temperatura máxima registada de 46 °C), com resíduo seco inferior a 170 mg L⁻¹ e com teor em sílica (SiO₂) superior a 45 mg L⁻¹.