A produção de biocombustíveis com recurso a culturas como a soja depende, em termos de produtividade, da ocupação exclusiva de grandes extensões de solo. As microalgas afiguram-se como uma alternativa para a produção de combustíveis, uma vez que têm a capacidade de duplicar a sua biomassa várias vezes por dia e de produzir, pelo menos, quinze vezes mais óleo por hectare do que as culturas alimentares concorrentes.

Para otimizar os processos de produção e extração dos óleos, recorre-se ao aumento do teor lipídico, bloqueando as vias metabólicas responsáveis pela acumulação de compostos energéticos, como o amido, e à diminuição do catabolismo dos lípidos. O silenciamento por mutação de genes das vias metabólicas referidas ou a redução significativa da quantidade de mRNA desses mesmos genes também podem conduzir a um aumento do teor lipídico celular.

Após a extração dos óleos para a produção de biodiesel, os glúcidos (hidratos de carbono) existentes no bolo vegetal remanescente podem ser utilizados como substrato para a produção de etanol. O dióxido de carbono, resultante do processo de fermentação, pode, por sua vez, ser utilizado na produção de mais biomassa (microalgas), o que permite o funcionamento em sistema fechado e uma otimização de todo o processo bioenergético.